1) клонируете репу https://gist.github.com/a3d2efe2ce6ca48825ce.git - это bash скрипт позволит вам очистить (выпилить) папку/файла из всей истории(всех комитов) , в крайнем случае можно оставить для последнего релиза. (git_cleanup [-x/--expunge -l/--keeplatest ...])
2) Клонируете свою репу с ключом --mirror
git clone --mirror git@github.com:<user/repo.git>
3)
