clean

1) клонируете репу https://gist.github.com/a3d2efe2ce6ca48825ce.git - это bash скрипт позволит вам очистить (выпилить) папку/файла из всей истории(всех комитов) , в крайнем случае можно оставить для последнего релиза. (git_cleanup [-x/--expunge -l/--keeplatest ...])
2) Клонируете свою репу с ключом --mirror

git clone --mirror git@github.com:<user/repo.git>

3)

Для чистки прекрасный инструмент BleachBit
скачать можно тут
подойдет для Fedora, Debian, Ubuntu,CentOS, Madriva и др

Качаете и запускаете :

1) $ cd /home/name/Desktop/ -(это мы переходим в каталог где находиться файл который необходимо установить)
2) $ ls - (это мы просматриваем файлы)
3) $ sudo dpkg -i package_file.deb

2. Преобразование файлов .rpm в файлы .deb