1. Убедитесь что в конфиге /etc/apache2/sites-available/default выставлено :
AllowOverride All
2. убедитесь что mod_rewrite погружается при старте apache2, должен существовать файл /etc/apache2/mods-enabled/rewrite.load с содержимым :
LoadModule rewrite_module /usr/lib/apache2/modules/mod_rewrite.so
3. Проверьте что он установлен и включен
sudo a2enmod rewrite service apache2 restart